ニホンアシカは見通しの良い平らな砂浜で繁殖し、岩場で繁殖することはめったになかった。

アシカ類では珍しく洞窟で眠ることを好んだ。

ニホンアシカにとっての唯一の天敵は人間で、漁業の妨げとして駆除された。

駆除されたアシカの膀胱から油が作られ、表皮は衣服や靴、毛布に使われた。長いヒゲはパイプ掃除に、内臓は漢方薬の原料に使われた。